L'acqua e' poco salata nei fiumi dell'estuario del mar Baltico. Perci? vivono molti pesci d'acqua dolce sulla costa – lucci, persici e spinarelli. 

Le Cloroficee crescono nell'acqua profonda. Le erbacce sono cibo per pesci e uccelli.

Grossi giunchi di felce crescono nell'estuario. Quei posti sono buoni nidi per gli uccelli. Le piu' grandi terre umide in Estonia sono nella baia di Matsalu, nell'estuario del fiume Kasari, dove e' stata fondata la riserva del Matsalu.

L'acqua e' piu' salata lontano, nel mare aperto. Piante e animali d'acqua dolce non possono viverci. La vegetazione marrone e rossa ricopre il fondo del mare. L'agar agar gelatinoso e surgelato ricavato dalle erbe di questi posti e' usato per fare la marmellata. Gli spratti e le aringhe nane nuotano nell'acqua aperta. I passerini dalla figura piatta e le anguille serpentiformi vivono nel fondo del mare. I volatili acquatici e le foche vanno a caccia di pesci.

Nel mar Baltico vivono molti tipi di foche - quelle grigie e quelle a strisce. In estate cacciano in mare aperto, ma in inverno vanno sulla spiaggia. I piccoli delle foche nascono in inverno inoltrato su banchi di ghiaccio o in isolette del mare.